Timo Werner fait ses débuts le 1er août 2013, pendant la phase de qualification de l’UEFA Europa League l’, contre le PFC Botev Plovdiv. Seulement âgé de 17 ans et 4 mois, c’est le plus jeune joueur à porter le maillot du VfB en Bundesliga, contre le Bayer Leverkusen le 17 août 2013. Un mois plus tard, il inscrit son premier but face à l’Eintracht Francfort. Il inscrit cette même saison son premier doublé, devenant ainsi le plus jeune joueur a inscrire un doublé en Bundesliga.
Il signe son premier contrat pro à 18 ans.
Il ne parvient pas à éviter la relégation de son équipe en deuxième division à l’issue de la saison 2015/16. Malgré quatorze ans passés au VfB et un contrat le liant au club jusqu’en 2018, il commence à devenir évident que Werner ne restera pas à Stuttgart.
RB Leipzig (depuis 2016)
Le 11 juin 2016, il rejoint le RB Leipzig , tout juste promu, contre une indemnité estimée à 10 M€
Il inscrit ses deux premiers buts sous ses nouvelles couleurs face à Hambourg le 17 septembre 2016 (victoire 4-3). Il inscrira au total 21 buts lors de cette saison, se classant quatrième meilleur buteur de Bundesliga, derrière Lewandoski Aubamyoung et Anthony Modeste, et participant à la qualification de son équipe pour la ligue des champions
Lors de la saison 2016-17 à l’occasion d’un match contre Shalke, il s’effondre dans la surface afin d’obtenir un penalty. Depuis cet incident et malgré ses explications et excuses, il devient la cible d’insultes de la part de certains « ultras » de Bundesliga, entre autres lors du match de qualification pour le Mondial 2018 entre l’Allemagne et la République tchèque à Prague
Ce parcours est significatif pour un jeune joueur a poussé beaucoup de grands clubs à s’intéresser à lui récemment il est pisté par le Barcelone.Liverpool s’intéresse également à lui ,il a d’ailleurs ouvert porte à un départ vers Liverpool. « Je sais que Liverpool est la meilleure équipe du monde en ce moment et cela me rend très fier d’être lié à cette équipe. J’ai toutefois encore beaucoup à apprendre avant d’espérer pouvoir jouer dans une telle équipe »,a conféré Werner.
De même,Fc Barça a montré son besoin de le voir jouer dans leur club .Mais la réaction du son entraîneur,Julian Nagelsmann,après lancée au jeune allemand,il semble pas disposé de le laisser filer aussi facilement lors du prochain mercato.
« Il serait plus difficile pour Timo Werner de jouer à Liverpool qu’à Leipzig. Il n’aura pas le même statut que celui qu’il a eu ici au cours des premières années, et je préfère le lui dire clairement »,a ainsi parlé Julian ,une manière de dire Werner n ‘est pas prêt pour quitter RB Leipzig.
